Експерти Міжрегіонального центру наукових досліджень та експертиз зауважують, що на сьогодні система управління водними ресурсами має в основному адміністративно-територіальну спрямованість, що не дозволяє збалансовано управляти, використовувати та відтворювати водні ресурси.
У 2016 році Держводагентство розробило відповідну Концепцію, яка дозволить, використовуючи кращі світові практики, впровадити європейську модель управління водними ресурсами.

Реформування структури управління водогосподарським комплексом викликане необхідністю урахування інтересів усіх сторін, у тому числі і кінцевих споживачів води, вирішення проблем погіршення якості поверхневих та підземних вод; водозабезпечення населення якісною водою особливо у періоди маловоддя тощо.
Нова система управління водними ресурсами впровадить ефективне державне інтегроване управління водними ресурсами за басейновим принципом; ефективні економічні механізми стимулювання раціонального водокористування; забезпечить розвиток меліорації; створить та забезпечить ефективне функціонування автоматизованих інформаційно-вимірювальних систем з прогнозування паводків і управління водними ресурсами у межах районів річкових басейнів.